Возведение симметричного Духовскому юго-восточного Федоровского корпуса было начато архитектором Теодором Швертфегером в 1725 году, а завершено в 1748 году архитектором Пьетро Антонио Трезини. Замыкает юго-восточный угол монастырского каре двухэтажная Николо-Федоровская церковь, построенная по проекту архитектора Пьетро Трезини.

В 1791 году в первом, ближнем к собору, флигеле устроили большую Кавалерскую залу для собраний кавалеров ордена Александра Невского. В остальных помещениях Федоровского корпуса располагались в конце XVIII века Санкт-Петербургская духовная консистория (до 1801 года), Главная семинария, больница. В начале XIX века два флигеля корпуса заняли студенты, преподаватели и правление Духовной Академии, а также Русская школа.

В 1996 году Федоровская церковь и корпус были возвращены Русской Православной Церкви. После проведения ремонта в части Федоровского корпуса поселилась часть братии обители, были открыты мастерская по художественной обработке металла, столярная, ювелирная и швейная мастерские. Позднее в Федоровском корпусе была размещена братская трапезная и гостиница для паломников.