В 1891 году к Феодоровской церкви с восточной стороны по проекту архитектора Г.И. Карпова была пристроена церковь-усыпальница в честь преподобного Исидора Пелусиота. Храм был освящен митрополитом Исидором (Никольским) 6 октября 1891 года в честь своего небесного покровителя. Через год Владыка был здесь погребен. Церковь служила усыпальницей для видных церковных и государственных деятелей, за весь период было сделано более 150 захоронений.
В 1920-е годы церковь была закрыта, захоронения уничтожены, могилы разграблены. С 1931 года до начала 2000-х годов в здании Исидоровского храма находился ЦНИИ «Прометей».
Из-за невозможности восстановить церковь-усыпальницу в здании было решено создать новый зал Духовно-просветительского центра «Святодуховский», который после масштабных реставрационных работ 28 мая 2019 года был освящен митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским Варсонофием.