В 1861 году в связи с нехваткой мест на Лазаревском и Тихвинском кладбищах Лавры было решено отвести под захоронения место между Невой и оградой монастыря. Четкий регулярный план с разбивкой на разряды составил епархиальный архитектор Г.И. Карпов. С 1868 года кладбище именовалось Засоборным, а в 1877 году получило название Никольского по имени церкви в честь святителя Николая Чудотворца, построенной в 1868-1871 годах по проекту Г.И. Карпова на средства купца Н.И. Русанова.
В 1932 году Никольскую церковь и кладбище закрыли. В середине 1930-х годов некоторые захоронения были перенесены в музейные некрополи, однако систематическое уничтожение памятников с целью добычи полированного камня привело к утрате сотен захоронений.
30 июня 1980 года Никольский храм был возвращен Церкви. Через 5 лет отделочные работы внутри здания были закончены, и 22 апреля 1985 года по благословению митрополита Антония (Мельникова) храм был освящен как часовня, а в алтарной части был поставлен престол. Полное же освящение храма было посвящено 40-летию Великой Победы.
В настоящее время в храме совершается Божественная Литургия каждую субботу.