В 1717 году за алтарем первой Благовещенской церкви (деревянной) был построен небольшой каменный храм для погребения царевны Натальи Алексеевны (в 1723 году её прах перенесен в каменную Благовещенскую усыпальницу).
В 1787‒1789 годах Лазаревская церковь-усыпальница была расширена. В 1835‒1836 годах храм был полностью перестроен по проекту архитектора Л.Я. Тиблена на средства графа Д.Н. Шереметева. Церковь являлась семейной усыпальницей графов Шереметевых.
В 1845 году на пожертвование графа С.С. Уварова, в память о похороненных в церкви жене и дочери, старый иконостас Лазаревской церкви был заменен небольшим одноярусным с образами работы Я.Ф. Яненко, и храм был вновь освящен.
В 1923 году Лазаревская усыпальница была передана обществу «Старый Петербург».
В 1930-х годах в Лазаревскую церковь перенесен ряд надгробий из Федоровской и Духовской церквей Лавры. Сейчас в усыпальнице более 80 надгробных памятников и плит (более 30 перенесены из других некрополей). Среди похороненных: бывшая крепостная актриса П.И. Ковалева-Жемчугова (в замужестве – графиня Шереметева), ее муж граф Н. П. Шереметев, И. А. Ганнибал (двоюродный дед А.С. Пушкина), конференц-секретарь Петербургской Академии наук Г.Н. Теплов, генерал П.И. Мелиссино, музыкант М.Ю. Виельгорский, государственные деятели А.С. Шишков, В.П. Кочубей, Д.В. Дашков, Л.А. Перовский.
С 1932 года церковь вошла в состав Музея-некрополя, её иконостас и внутренние росписи уничтожены.