Появление Старо-Афонского подворья в Петербурге на углу Дегтярной и 5-й Рождественской (ныне – 5-й Советской) улиц связано со строительством Андреевского скита на Афоне в Греции. Основание скиту на горе Афон положил в середине XVII века святитель Афанасий Константинопольский, построивший там келью. В 1841 г. русские монахи приобрели ее и при содействии известного православного писателя и историка Церкви Андрея Николаевича Муравьева преобразовали келью в скит апостола Андрея Первозванного. К началу ХХ века скит стал крупнейшим монастырем на горе Афон, насчитывая десять храмов и около 500 монахов.
В 1875 г. благочестивая купчиха А.У. Джамусова подарила афонским монахам участок земли на Песках в Санкт-Петербурге с каменным домом и 10 тысяч рублей. На этом участке с разрешения Святейшего Синода в 1889 г. началось строительство Благовещенской церкви в память чудесного избавления семьи Александра III от опасности 17 октября 1886 г. около станции Борки.
Храмовый комплекс Старо-Афонского подворья Свято-Андреевского мужского скита был построен по проекту Н.Н. Никонова в 1889 – 1893 гг. В себя он включал три здания: церковь Благовещения Пресвятой Богородицы (литера А), причтовый дом с домовой церковью на втором этаже (литера Б) и сторожку у ворот (литера В).
Храм Благовещения Пресвятой Богородицы располагается вдоль улицы 5-й Рождественской (Советской) и представляет собой двухэтажную церковь в лучших традициях Московского и Ярославского зодчества XVII века. Постройку венчала пятиглавая разновысокая купольная система, с шатровым главным барабаном и высокая шатровая колокольня с двумя боковыми главками над притвором. Стены, главы и апсида были богато украшены орнаментальными поясами, колоннами, кокошниками. Автор-архитектор Николай Никитич Никонов предпочел не менять стиль и внутри. Церковь имела два иконостаса: дубовый в нижнем храме и золоченый в верхнем. Автором иконостаса также являлся лично Н.Н. Никонов: «… Иконостас очень красивый, в древнерусском стиле, расписан эмалированным светлым колером. Перед престолом прекрасный образ – моление – моление о чаше…».
В церкви было освящено пять престолов: в нижнем храме – главный престол во имя чудотворной иконы Божией Матери “В скорбях и печалех Утешение” и придел во имя Алексия Человека Божия; в верхнем – главный престол Благовещения, правый придел во имя святого благоверного великого князя Александра Невского и левый во имя святого апостола Андрея Первозванного. С большим мастерством был выполнен иконостас главного придела: иконы для него были написаны афонскими монахами. Главной святыней подворья стала чтимая икона «В скорбях и печалях Утешение», перед которой служился торжественный молебен. С Афона были привезены многие святыни, среди которых находились частицы мощей двенадцати мучеников и частица Животворящего Древа Господня. К 1914 г. на подворье насчитывалось четырнадцать монахов и десять послушников.
В 1919 г. подворье Андреевского скита было упразднено, а церковь передана верующим Петрограда. После закрытия подворья указанный афонский мощевик и другие святыни были перенесены в Никольский собор. А самая чтимая икона Божией Матери «В скорбех и печалех Утешение» бесследно исчезла.
В 1923 г. храм стал приходским. Настоятелем храма был бывший насельник Свято-Андреевского скита викарный Псковский епископ Макарий (Реутов). В 1929 г. община при церкви Благовещения Пресвятой Богородицы подверглась разгрому, иноки были изгнаны в поселок Славянка под Ленинградом, где ими был сооружен тайный молитвенный дом, одновременно продолжая скрытно ездить в город, служить в своем бывшем храме и даже оставаться ночевать при нем.
В 1931 г. настоятель епископ Макарий (Реутов) был арестован в числе восемнадцати монахов Старо-Афонского подворья в Санкт-Петербурге «как глава одной из контрреволюционных ячеек». С сентября он вел переговоры с послом Греции о возможности перехода подворья в греческое подданство в качестве посольской греческой миссии. Но в октябре был приговорен к 10 г. тюрьмы, впоследствии приговор заменен расстрелом. Некоторые насельники подворья, в составе восьми человек были арестованы в ночь с 17 на 18 февраля 1932 г. – «Страстную пятницу русского монашества», именуемую так по причине того, что за сутки в Москве и Ленинграде было арестовано и подвергнуто репрессиям 318 монашествующих.
Окончательно храм закрыли в 1933 г. В здании расположилось 3-е хранилище Ленинградского государственного архива Октябрьской революции и социалистического строительства. В 1942 г., во время блокады Ленинграда, в результате бомбежки в соседнее здание упала бомба и храму был нанесен значительный ущерб. В 1972 г. был проведен капитальный ремонт и в здании разместился Ленинградский государственный архив научно-технической документации.
Летом 2000 г. здание архива посетили три афонских монаха. Предваряя их вопрос о возвращении подворья монастырю, заместитель директора архива Надежда Федоровна Фомичева сказала: «Мы понимаем, в каком помещении мы находимся и были бы рады освободить его и видеть этот храм открытым. Естественно, это возможно, если архиву будет предоставлено другое помещение».
В 2001 г. Подворье было включено КГИОПом г. Санкт-Петербурга в «Перечень вновь выявленных объектов, представляющих историческую, научную, художественную или иную культурную ценность». В 2002 г. группой православных верующих Санкт-Петербурга при поддержке афонских монахов была перестроена сторожка Старо-Афонского подворья (литера В) в часовню св. ап. Андрея Первозванного.
3 июня 2003 г. состоялось открытие Андреевской часовни (малое освящение совершил игумен Никон, настоятель Афонского подворья в Москве). На освящении присутствовал губернатор города В.А. Яковлев. Крестный ход с мощами Св. Ап. Андрея прошел по всем этажам здания, принадлежащего архиву.
Сам комплекс зданий подворья был включен в Единый государственный реестр объектов культурного наследия (памятников истории и культуры) народов Российской Федерации в качестве объекта культурного наследия регионального значения на основании распоряжения комитета по государственному контролю использованию и охране памятников истории и культуры в октябре 2009 г.
Основные события, связанные с воссозданием Старо-Афонского подворья, начались в 2016 г. Администрацией города Санкт-Петербурга было принято решение о возвращении здания церкви Санкт-Петербургской епархии. Митрополит Санкт-Петербургской и Ладожский Варсонофий благословил вернуть бывшему Старо-Афонскому подворью статус Архиерейского подворья, с закреплением подчинения Санкт-Петербургской Епархии. Определенный таким образом статус Архиерейского подворья стал единственно возможным путем реставрации некогда практически утраченного исторического памятника в полном комплексе из трех зданий.
Первая Божественная Литургия в открывшемся храме Благовещения Пресвятой Богородицы состоялась 26 октября 2016 г., в день памяти Иверской иконы Божией Матери. А первая Архиерейская служба 8 ноября 2016 г. Так было положено начало новой жизни Старо-Афонского подворья в XXI веке.
В 2017 г. на Архиерейском подворье произошло несколько важных событий. Храм обрел свой голос и купол храма вновь венчает православный крест. Примечательно, что прихожанам подворья удалось вернуть семь из утраченных тринадцати колоколов.
В настоящее время при подворье существует приходская община. Новейшая история прихода с 2017 г. по текущий момент в открытых источниках не представлена.